O ΕΣΔΑΚ συστήθηκε το Μάρτιο του 2000. Η ίδρυση του ΕΣΔΑΚ είχε ως βασικό στόχο να καλύψει την ανάγκη για έναν ενιαίο φορέα για τη διαχείριση των απορριμμάτων των Οργανισμών Τοπικής Αυτοδιοίκησης (OTA) σε επίπεδο Κρήτης.

Από την αρχή του έτους 2011, με τροποποίηση της συστατικής του πράξης (αρ. αποφ. 24797, ΦΕΚ 2147/Β/31-12-10) λειτουργεί ως Φορέας Διαχείρισης Στερεών Αποβλήτων (ΦοΔΣΑ). Σύμφωνα με το Ν. 4071/2012, με την ολοκλήρωση της διαδικασίας συγχώνευσης των ΦοΔΣΑ, ο ΕΣΔΑΚ αναμένεται να συγχωνευτεί στο νέο Περιφερειακό Σύνδεσμο ΦΟΔΣΑ Κρήτης.